中間気密測定で、C値0.46だったのですが玄関扉を目張りして測ったところ、C値0.39になりました。玄関扉が弱点になっていると考えて良いでしょうか?

おっしゃる通り、玄関ドアは漏気箇所になりやすいところではありますがC値0.5なら十分高性能ですので、そんなに気にしなくても大丈夫ですよ。