基礎内をスラブ上も含めて、全面断熱する予定です。この場合、1年目から2年目くらいまで出るスラブコンクリートの湿気でコンクリートと断熱材の間にカビは生えないのでしょうか?

リスクはゼロではありません。しかし、気密が完全であれば、カビは生えにくく、例えカビが発生した場合でもその胞子が基礎の中に放出されるリスクも少なくなります。