1階のリビングと2階の書斎などにデスクトップPCを家の中に複数配置し両方とも有線LANで利用したい場合、設計時にあらかじめ相談しておく必要ありますか?

勿論、しておいた方が良いです。ケーブルの種類や配線方法、将来の交換の事など、話し合ってください。