正転しようとしているモーターを無理やり逆転させるわけですから、あまりいい状態とは言えないかと思います。

もしそれが気になるという事であれば、キッチンの換気扇を動かすときは

キッチンに一番近い窓を少しだけ開けるという事をしていただければ逆転はしなくなるかと思います。

恐らく差圧式や連動式の換気扇を熱橋などを嫌って設置しなかった事と、

そもそも家全体の給気口が少ないか小さいか、その両方かで、十分な給気口の大きさが取れていないのが原因だと思います。

面倒であれば、そのまま使っていただいても、トイレの換気扇の寿命が少し短くなるかも、というくらいのリスクかなと思います。