完成保証は失敗の有無という面もありますが、その会社の財務の健全性を測るパラメーターの一つでもあります。
小さな会社、大きな会社に関わらず、つけようと思えば完成保証を付ける事の出来る会社に頼むことが、質問者様のリスク低減につながりますので、後は自己判断ですね。完成保証を付ける事が出来る会社さんだという事を確認できれば、後は、付けるかどうかはどちらでも構いません。

換気は直接空気が行き渡らずとも、空気の成分が拡散、中和して混ざり合う事で、有害物質を希釈するという物になります。ダクトレス第一種でも換気性能については特に問題は有りません。ただ、折角新築を建てるのであれば、ちゃんとしたダクト式換気の方がしっかりしていますので、そちらをお勧めします。ダクトレス換気は基本的にリフォーム用商品です。

UA値0.35を切るまでは断熱に全振り、みたいな感じで。元々は基礎断熱でも床断熱でも0.7で、そこまで辻褄が合わないという事は無かったのですが、基礎断熱で床下空間にエアコンを突っ込む人が現れ、それが沢山増えて行きまして、エネルギー的に辻褄が合わないのもあり、現実的なルールに変わっていくのだと思います。かく言う私も相当数、床下にエアコンを突っ込んできましたし、これからも突っ込んでいくと思いますので、今回の改正で、UA値の影響は受けますが、元々光熱費的に床下ACの場合は床下こそ最も断熱を入れなければならない所だというのは織り込み済みですので、弊社の仕様が変わるという事は有りません。

飲み物をこぼしたり、細かなハウスダストは当然増えてきますが、素材をきちんと選べばいい感じの空間にできます。
カーペットは柔らかいので裸足で歩いても疲れにくいし、クッションなどを介さずに直に座ってもいいので何かと便利です。長い目で見ると、消耗品だと言えますので、数十年後のきれいさを考えても悪くないと思います。

年中乾燥した状態を保ってあげれば、カビやダニの心配も少なくなりますので、高気密高断熱との相性もいいと思います。

後は好みでしょうか。どちらでも大丈夫です。

そこは建築基準法の換気に対するダブルスタンダードと呼ばれる矛盾点になりますね。建築基準法本文では、窓を開けなくてはならず、施行令では機械換気が義務付けられており、現状は両方をクリアしないとダメという感じになっております。
ただ、余程の都市部や狭小住宅でない限りは、法律をかわす手段はあるような気は致しますが、、、

夏場の逆転結露に関しては、建てる地域の気象条件によります。絶対湿度が何g/kgまで上がる地域なのか、冬は気温が何℃まで下がる地域なのかにより最適な外皮構成は変わってきます。一概に可変シートを使えば良いという物ではありません。長い目で見ると、吸放湿は極力抑えたほうが事故は起きにくいですが、これもきちんと計算をしてみたほうが良いと思います。吸放湿が生きてくるのは中間期だけです。真冬は湿気の流れは室内から室外への一方通行ですし、真夏は室外から室内への一方通行です。

調査については、あくまでも調査であり、調査方法によって地盤の固さが増すという事は有りません。ただ、表面波探査法の方が地盤に対してより包括的な調査を行えますので、地盤の全体像が把握しやすいです。
結果、スウェーデンサウンディングで、たまたま弱い部分を調査してしまったが為に本来やらなくても良い改良が発生してしまったなどという確率は下がっていきます。
注意事項としては、表面波探査の方法では、地盤に対しておおよそ15m程度下までしか測定することが出来ませんので、あまりにも軟弱な地盤ですと、改めてスウェーデンサウンディングを行わなければならないという事もあったりします。
私はどちらでも良いかと思います。

断熱、気密、防湿ラインはそれぞれの工務店で取り方はバラバラになります。○○工法と呼ばれる物でしたら、その工法独自の型があり、統一されている例も多いです。それはどちらでも大丈夫ですが、稀に、そのラインがきちんと連続しておらず、危険な高断熱住宅になっている例もありますのでその会社さんの実績は少し気にして見たほうが良いかもしれません。
設計がしっかりしていても現場がそれを具現化できなければ文字通り絵に描いた餅となります。そして実はここが最も難しい部分になります。設計の勉強は比較的早く修める事が出来ますが、それを一軒一軒の現場にきちっと適用していくのは場数を踏む必要があります。

耐久性の高い物と低い物を混ぜないのは日本の家の9割以上が出来ていない事になります。どんな大手ハウスメーカーでも、断熱材、電気配線、水道配管、冷媒配管、換気ダクトなどがごちゃ混ぜに施工されている例は枚挙に暇がありません。折角丁寧に施工された断熱材が一生モノではなくなってしまうのが日本の殆どの家づくりにおいて起きている問題になります。とは言え、同じ問題意識を持って施工している工務店は数は少ないですが全国に沢山あります。決してすごく特殊で技術のいるものではありません。

確かに銅の方が生えにくくはなってきますが、やはりカビは生えます。
効果が高いのは絶えずコンプレッサーが動き続け水が流れ続ける環境を作ってあげる事です。エアコンを24時間回しっぱなしにすればいいかというと、それだけではなく、適切な容量選定と負荷のコントロールが出来ていなくてはなりません。でないと、エアコンがいつの間にか止まっているという事になり、その時間にカビが生えます。皮肉な話ではありますが、お上品なAI搭載高性能防カビ仕様高容量エアコンが発停を繰り返しながら動くよりも、頭の悪い激安低容量エアコンをぶん回すように使った方が絶えず水が流れ続けてくれます。水が流れ続けるという事は除湿効果も高まるという事です。更に、高性能エアコンと激安エアコンですと、初期コストで5~10倍の価格差が発生します。冷暖房費のランニングコストを下げるのはエアコンの仕事ではなく、家の性能の仕事になりますので、十分な家の性能を確保したうえで、激安エアコンを馬車馬のように働かせ、ダメになったら早めの交換というのが比較的カビのリスクの少ないエアコン選定になります。ちなみにエアコンにかかる生涯コストもその方が随分と安く済みます。