アルミ樹脂複合サッシを採用して冬の寒い日に表面結露が発生した場合、壁の内部や躯体にも悪影響を及ぼしていると考えた方がいいでしょうか?

ガラス表面にできる結露は雫になって垂れなければ躯体に悪影響を及ぼすことはありません。
枠部分に結露が出来ている場合は、目に見えない躯体側で結露している可能性はゼロとは言えません。施工の方法などによりケースバイケースです。生活の中において、躯体ダメージのリスクなく実現できる温湿度を設計士さんにきちんと計算してもらうことをお勧めします。