換気システムにダクト式第三種換気を採用する場合、小屋裏エアコンや床下エアコンなどで全館空調にするのは難しいでしょうか?熱交換型の第一種換気でないと、全館空調のようなことをするのは無駄が多いでしょうか?

全館空調をしたければ、ダクトを這わすか、ダクトが無くても冷気暖気がいきわたる設計にするかです。
後者であればダクト式第三種換気であっても小屋裏エアコンや床下エアコンで全館空調は可能です。しかし、そのやり方の方が設計としては高等技術ですので、できる人はそうそういません。