ある工務店は耐震等級3でない普段の仕様が基礎の鉄筋が耐震等級3仕様より太くがっしりしている。耐震等級3にしたら細く貧弱に見えると基礎屋に言われていると言いますが、こういう事は有りますか?

本来であればいらない部分に余計な鉄筋を入れてお客さんの予算を無駄に使っている可能性がありますね。
耐震等級3や許容応力度計算は、建物のバランスを見ながら強くすべきところを強くするための物です。
昔からの経験と勘で費用対効果の悪いオーバースペックな建物を作ってきた会社がそういう事態に陥りやすいです。