リビングに小上がりの畳コーナーを設けようと思います。そこから直接出られるようなタイルデッキもしくはウッドデッキをつけたいのですが、基礎と高低差があります。床下断熱で換気口もあるので、フラットに施工するのは難しいのでしょうか?

畳コーナーとフラットに施工することもできますが、デッキと庭の高低差は1m近くになるのではないでしょうか。
その高低差を使い勝手的、意匠的にうまく解消できれば、やっても良いかと思います。
ウッドデッキ下を簡易的な収納スペースにできたりしますね。