基礎断熱を採用しましたが、断熱材が薄かったのか思ったより足元が冷えます。その対策として、床下断熱を追加するという改修はしても大丈夫でしょうか?そもそも効果はありますでしょうか?

北海道であれば、外気ー基礎内ー床と3つの空間に分けて順次温度差を無くしていくというやり方もありますが、本州以南であれば、どちらかだけにしておいた方が良いです。
ご自身で頑張って基礎下にもぐって断熱を強化してあげるか、床下に熱源を置いて、暖かさを確保してあげてください。