高気密高断熱の住宅でダクト式第1種換気を採用した場合、局所換気として付く浴室とトイレの第3種換気については消し忘れによる負圧を防ぐために、人感センサーによりオンオフする事は運用上間違いでしょうか?

間違いではありません。
局所換気の稼働時間がなるべく少なくなるように設定してあげたほうが良いです。