1〜2階の胴差しには気密シートを一部先張りしますが、基礎断熱時の土台に先張りシートを付けた現場を知りません。ネットでも見かけませんが、納まりの問題でウレタンが使いやすいからでしょうか?

仰る通りで、ボード系の断熱を貼った方が扱いやすく効果が高いからだと思います。実際弊社も、気密シートを使う断熱仕様の現場の場合でも、土台周りはシートではなく、ボード系断熱材にて断熱気密防湿層を作ります。
ウレタン=ウレタン吹き付けだと表記されておられるなら、また話が別です。吹き付けウレタンは透湿抵抗の低い物が多く、厳密に言えばシートが必要になる商品も多いので、吹き付けウレタンでシートなしの土台周りの納まりは、ちょっとグレー要素が入ります。