予備でエアコン用のスリーブ穴を空けておくというのはよく聞きますが、断熱や気密に影響ありますか?ある場合、出来るだけ小さくすることは可能ですか?また、施工する際の注意点などありましたら伺いたいです。

使わないときはグラスウールの端材でも捨てるタオルでも詰めておけば大丈夫です。詰めておかなくても無視してよい程度の熱橋ですので大丈夫です。