高断熱住宅でも寒い家になることはありますか?

あります。原因は空気の流れです。

断熱性能が高くても、暖気がうまく循環しなければ特定の部屋だけ寒くなることがあります。特に廊下や北側の部屋で顕著です。これは設計段階で空気の動線が考慮されていない場合に起こります。
温熱環境は「断熱性能 × 空調設計」で決まります。