一般的には本当です。

窓は断熱的にも耐震的にも弱点になります。無制限に窓を付けて耐震等級も3が取れるという事はありません。特に、南北に長い建物になる場合は、1階の南側の窓は思うように取れない場合が多くなります。

高気密高断熱にする事と、窓が小さくなることは関係がなく、耐震等級3を取ることだけが窓の大きさに関係してきます。