将来的にエアコンが取り付く可能性がある場所には新築時に全て穴を開けて配線を通しております。
気密はしっかり処理をすれば悪くなりません。せいぜいαA値が0.5cm2程度落ちるくらいで、問題ありません。それよりも後で折角丁寧に仕上げた防湿ライン気密ライン断熱ライン防水ラインを全部台無しにする方がよほどリスクが高いです。