完成保証は失敗の有無という面もありますが、その会社の財務の健全性を測るパラメーターの一つでもあります。
小さな会社、大きな会社に関わらず、つけようと思えば完成保証を付ける事の出来る会社に頼むことが、質問者様のリスク低減につながりますので、後は自己判断ですね。完成保証を付ける事が出来る会社さんだという事を確認できれば、後は、付けるかどうかはどちらでも構いません。