ざっくり優先順位を上げますと、

無垢材にすべきかどうかは、質問者さんのおかれた状況によります。

そもそも内装に至るまでの事項は必要十分なものであるか、質問者さんにとってのローン増額は内装を無垢に変えたメリットよりも小さいと思えるかが、そのあたりが判断ポイントになってきます。

質問者さんの状況が分からないまま一般論で答えてしまいますと、世の中の家づくりの9割以上は、耐久性までの部分で必要な物を満たしておりません。ローンを増額出来る経済的余裕があるのであれば、内装以前の部分に全部入れた方が良いです。