アルコールや他のアルカリ性のもので拭いたりすると無垢は黒く変色しますが、色が変わるだけで、質が悪くなるわけではありません。
色が変わるのが嫌だということであれば、無垢を無塗装で使うことはあまりおすすめ致しません。

また、汚れや傷が付くのを避けたい場合、無垢材の上に、何かしらの養生やコーティングをしてしまう。定期的に養生やコーティングを更新するというのが答えになります。この場合の養生とは、市販のキッチン用マットでもいいですし、無垢材を覆ってしまうくらいのクッションフロア（接着はしない）などの措置となります。